ปัตตานีเป็นสมรภูมิสงครามหลายครั้ง ในที่สุดสงครามกับสยามเมื่อ พ.ศ.2329 ตำหนักและพระราชวังถูกทำลาย คงเหลือเพียงร่องรอยที่ตั้งของพระราชวังและบ่อน้ำ 3 บ่อ หรือบ่อน้ำรูปดอกจิก ซึ่งกล่าวกันว่า คือ บ่อน้ำประจำราชสำนักพร้อมกับแผ่นหินปูพื้นขนาดใหญ่ยังคงที่ปรากฎเป็นหลักฐานสืบเนื่องมาถึงปัจจุบัน