ถ้ำลอดปูยูเป็นส่วนหนึ่งของอุทยานแห่งชาติทะเลบัน ตั้งอยู่ในหมู่ที่ 3 ตำบลปูยู อำเภอเมืองสตูล อยู่ห่างจากตัวจังหวัดราว 15 กิโลเมตร การเดินทางไปเที่ยวที่ถ้ำแห่งนี้สะดวกที่สุดคือลงเรือที่ท่าเรือตำมะลัง รือจะแล่นสู่ปากอ่าว ลัดเลาะไปตามลำคลอง สองข้างอุดมด้วยป่าโกงกาง มองเห็นสันเขายาวเหยียด พาดจากทิศตะวันตกไปยังทิศตะวันออก คือทิวเขาสันกาลาคีรี ซึ่งกั้นเขตประเทศไทยกับมาเลเซียไว้ ถ้ำลอดปูยูแตกต่างจากถ้ำทั่วไป มีคลองลอดในถ้ำคือมีภูเขาคร่อมคลองเอาไว้ ชื่อภูเขากับชื่อคลองเป็นชื่อเดียวกัน คือ “เขากายัง” กับ “คลองกายัง” ก่อนลอดถ้ำคลองจะกว้าง แต่พอลอดเข้าถ้ำ คลองค่อยแคบลงหรือสอบเข้ามา หลังคาถ้ำมีความโค้งเล็กน้อย ความยาวของช่วงที่ลอดถ้ำประมาณ 30 เมตร ถ้าช่วงน้ำลงเรือจะลอดผ่านไปมาได้สะดวก แต่ถ้ำน้ำขึ้นสูง เรือจะลอดผ่านได้ค่อนข้างลำบาก จุดเด่นของถ้ำลอดปูยู คือ หน้าผาสูงชันของเขากายัง แท่งหินที่มีรูปร่างประหลาดกับหินงอกหินย้อยที่ปรากฏตามเพดานถ้ำ อีกด้านหนึ่งจะมีป่าโกงกางที่อุดมสมบูรณ์ ถ้ำลอดปูยูมีลักษณะคล้ายคลึงกับถ้ำลอดที่พังงา ต่างกันตรงที่ว่า พังงาอยู่ในทะเล แต่ถ้ำลอดปูยูตั้งอยู่บริเวณป่าชายเลน เป็นภูเขาคร่อมคลอง นอกจากนั้นผู้ที่ไปเที่ยวที่ถ้ำลอดปูยู ยังมีโอกาสไปเที่ยวถ้ำกายัง ซึ่งตั้งอยู่ไม่ไกลนัก เป็นถ้ำขนาดเล็ก มีความสวยงาม อยู่ในระหว่างการปรับปรุงเป็นแหล่งท่องเที่ยวของอุทยานขณะนี้

การเดินทางไปชมถ้ำลอดปูยูจากตัวเมืองสตูลไปลงเรือที่ท่าเรือตำมะลัง ซึ่งห่างจากตัวเมือง 9 กม.จากท่าเรือตำมะลังเช่าเรือหางยาวไปถ้ำลอดที่คลองท่าจีน ค่าโดยสารประมาณ 400-500 บาท (ขึ้นกับขนาดของเรือและจำนวนนักท่องเที่ยว)