ประกอบด้วยพื้นที่ชายฝั่งทะเลและเกาะน้อยใหญ่กว่า 22 เกาะ เช่น เกาะลิดี  เกาะเขาใหญ่ เกาะเภตรา และเกาะเหลาเหลียง อ.ปะเหลียน จ.ตรัง  เป็นต้น บริเวณที่ทำการอุทยานตั้งอยู่ที่เวิ้งอ่าวธรรมชาติที่น่าท่องเที่ยวของอ่าวนุ่น มีบ้านพัก อาคารเอนกประสงค์ และมีสะพานไม้เลียบเชิงเขาที่ยื่นอยู่ในทะเล เพื่อชมธรรมชาติและความงามของทะเลอุทยานแห่งชาติหมู่เกาะเภตรา  

เป็นอุทยานแห่งชาติลำดับที่ 49  ของประเทศจัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่  27  ธันวาคม   2527  มีพื้นที่ครอบคลุม  2  จังหวัด  คือ  จังหวัดตรังกับสตูล  ได้แก่  ตำบลเกาะสุกร  อำเภอปะเหลียน  จังหวัดตรัง   และตำบลขอนคลาน  อำเภอทุ่งหว้า  ตำบลแหลมสน  ตำบลปากน้ำ  อำเภอละงู  รวมพื้นที่ทั้งบนบกและในทะเล  เฉพาะพื้นที่ในจังหวัดสตูล มีจำนวน  187,656.25  ไร่  เป็นพื้นที่ทะเล  172,462.50  ไร่  พื้นที่บก  15,193.75  ไร่

นักท่องเที่ยว หรือนักดำน้ำ โปรดช่วยกันดูแลรักษาทรัพยากรธรรมชาติ ไม่ว่าจะเป็นขณะที่อยู่บนบก ในเรือ หรือขณะดำน้ำ เช่น    

1. ไม่เหยียบ หรือเก็บปะการัง กัลปังหา หรือหอย ไปเป็นของที่ระลึกส่วนตัว    

2. ไม่ทำอันตรายต่อสัตว์น้ำทุกชนิด    

3. หากพบขยะใต้ท้องทะเล โปรดเก็บมาทิ้งในถังขยะบนเรือหรือที่ชายฝั่ง    

4. โปรดอย่าทิ้งขยะในท้องทะเล เก็บไว้ในเรือจนกว่าจะถึงฝั่ง    

5. ควรทิ้งขยะในที่รองรับเท่านั้น    

6. ไม่ควรนำเรือเข้าใกล้แนวปะการังน้ำตื้นมากเกินไป เพราะอาจจะเกิดการหักพังของปะการัง    

7. ไม่ควรซื้อของที่ระลึกที่มีซากปะการัง กัลปังหาเป็นส่วนประกอบ เพราะเท่ากับเป็นการสนับสนุนให้มีการเก็บปะการัง กัลปังหาเพิ่มขึ้น    

8. ไม่ควรทิ้งสมอเรือในแนวปะการัง ควรผูกเรือไว้กับทุ่นจอดเรือในบริเวณที่จัดไว้

จากจังหวัดสตูลใช้ทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 416 (สตูล-ตรัง) ถึงอำเภอละงูเลี้ยวเข้าทางหลวงจังหวัดหมายเลข 4052 (ละงู-ปากบารา)  ที่ทำการอุทยานแห่งชาติหมู่เกาะเภตรา อยู่ก่อนถึงท่าเรือปากบาราประมาณ 3 กิโลเมตรโดยห่างจากตัวอำเภอละงู จังหวัดสตูล 7 กิโลเมตร

จากจังหวัดสตูลใช้ทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 416 (สตูล-ตรัง) ถึงอำเภอละงูเลี้ยวเข้าทางหลวงจังหวัดหมายเลข 4052 (ละงู-ปากบารา) ประมาณ 12 กิโลเมตร จะถึงท่าเรือปากบารา ที่ตั้งที่ทำการอุทยานแห่งชาติอยู่ก่อนถึงท่าเรือปากบาราประมาณ 3 กิโลเมตรโดยห่างจากตัวอำเภอละงู จังหวัดสตูล 7 กิโลเมตร