วัดหาดใหญ่ใน แรกเริ่มสร้างเป็นวัดนั้น นายทอง นางฉิ้น ใจเย็น ได้บริจาคที่ดิน 1 ไร่ พร้อมอาคารที่อยู่อาศัยสำหรับพระสงฆ์ซึ่งอพยพหลบภัยมหาสงครามเอเชียบูรพา นำโดยพระมหาคลิ้ง อตฺถจาโร ปัจจุบันคือพระครูวิจิตรพรหมวิหาร ต่อมานายจินต์ รักการดี นายอำเภอหาดใหญ่ (สมัยนั้น) พร้อมประชาชนได้มีจิตศรัทธาบริจาคซื้อที่ดินเพิ่มเติมและสร้างวัดขึ้น ในวันที่ 10 มิถุนายน 2490 ต่อมากระทรวงศึกษาธิการประกาศตั้งเป็นวัดวันที่ 24 กันยายน 2490 ให้มีนามว่า วัดหาดใหญ่ใน และได้เปลี่ยนนามใหม่เมื่อวันที่ 10 มกราคม 2523 โดยสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ ได้พระราชทานนามให้ พร้อมกับพระนามาภิไธยย่อ "ม.ว.ก." ประดิษฐานไว้ที่ซุ้มประตูวัดและได้ทรงรับวัดนี้ไว้ในพระราชานุเคราะห์ด้วย

วันที่ 2 กันยายน 2519 เวลา 18.30 น. พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว และสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ พร้อมด้วยสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา และสมเด็จเจ้าฟ้าหญิงจุฬาภรณวลัยลักษณ์ ได้เสด็จมาทรงประกอบพิธี ยกพระเกตุมาลาพระพุทธไสยาสน์ ได้ทรงลงพระปรมาภิไธยและพระนามา ภิไธย ที่แผ่นหินอ่อนไว้เป็นที่ระลึกด้วย