ความสัมพันธ์ระหว่างปัตตานีกับมะละกา ดำเนินมาด้วยดี นับตั้งแต่สุลต่าน อิสมาอีล ชาห์ หรือพญาอินทิรา ปกครองปัตตานี ตั้งแต่ พ.ศ. 2043 เป็นต้นมา แม้ว่าก่อนหน้านั้นในปี พ.ศ. 1998-2003 มะละกาส่งกงองทัพมาโจมตีเมืองโกตามหลิฆัย เป็นการโต้ตอบสยามที่เคยส่งกองทัพไปโจมตีเมืองมะละกา และหัวเมืองมลายูที่อื่นๆ เพื่อขยายอำนาจลงไปยังดินแดนแถบนี้ตั้งแต่ปี พ.ศ. 1838 เป็นต้นมา เมืองโกตามหลิฆัยมีความสัมพันธ์ที่ดีกับสยาม ระหว่างปี พ.ศ. 1890-1893 พระฤทธิเทวาแห่งโกตามหลิฆัยได้นำชาวเมืองไปช่วยพระเจ้าอู่ทองสร้างพระนครศรีอยุธยา เมื่อกองทัพสยามเดินทางกลับพระนครไปแล้ว เมืองโกตามหลิฆัยจึงถูกเป็นเป้าโจมตีจากกองทัพมะละกา ขณะเดียวกันมะละกาก็ขยายอำนาจเข้าปกครองเมืองต่างๆ ตอนล่างของคาบสมุทรมลายู ในช่วงต้นพุทธศตวรรษที่ 21 ปัตตานีตกเป็นเมืองขึ้นของมะละกาในปี พ.ศ. 2003 เป็นต้นมา เมืองปัตตานีในขณะนั้นกำลังถูกสร้างขึ้นใหม่ที่กรือเซะ-บานา (คือบริเวณตำบลตันหยงลุโละในปัจจุบัน) แทนเมืองเดิมคือ โกตามหลิฆัย ที่ได้รับความเสียหายจากการโจมตีของมะละกา และสภาพของเมืองที่ห่างไกลจากฝั่งทะเลไม่เป็นที่นิยมของพ่อค้านักเดินเรือ จึงยากแก่การฟื้นฟู จนกระทั่งถึง พ.ศ. 2054 มะละกาตกเป็นเมืองขึ้นของโปรตุเกส ปัตตานีจึงกลับมาเป็นอิสระจากมะละกา ในสมัยพญาอินทิรา ปฐมกษัตริย์ของปัตตานี ได้สร้างความสัมพันธ   ไมตรีกับสยามและมะละกา โดยเสด็จเยือนมะละกาด้วยพระองค์เอง ซึ่งได้รับการต้อนรับเป็นอย่างดีจากสุลต่าน มะหะหมัด ชาห์ แห่งมะละกา (สุลต่านองค์สุดท้ายก่อนที่มะละกาตกเป็นอานานิคมของโปรตุเกส) ขณะเดียวกัน กษัตริย์มะละกาก็ได้ส่งแม่ทัพฮังตูวะฮ์ มาเยือนปัตตานีด้วยเช่นกัน ฮังตูวะฮ์ และชื่อประตูพระราชวัง "ชัยฮังตูวะฮ์" จึงเป็นอนุสรณ์สถานในการมาเยือนปัตตานีของฮังตูวะฮ์ แม่ทัพผู้ยิ่งใหญ่แห่งมะละกาในยุคนั้น ฮังตูวะฮ์เสียชีวอตที่มะละกา สุสานของท่านที่นั่นได้รับการดูแลอย่างดี และเป็นที่นิยมของนักท่องเที่ยวในการเดินทางไปเยี่ยมชม