เหตุการณ์ที่กองทัพสยามลงมาปราบปรามปัตตานีในปี พ.ศ.2329 ปรากฏในหนังสือ sejarah Kerajaan Melayu Patani เขียนโดย Ibrahim Syukri, (1985) และในพระราชพงศาวดารกรุงธนบุรี (2507) สรุปความได้ว่า หลังจากกรุงศรีอยุทธยาแตกในปี พ.ศ.2310 แล้ว หัวเมืองทางใต้ได้แก่ นครศรีธรรมราช สงขลา และปัตตานี ประกาศเป็นอิสระไม่ขึ้นกับสยามอีกต่อไป ในปี พ.ศ.2311 เจ้าเมืองนครศรีธรรมราชได้นำกองทัพบุกเข้ายึดเมืองปัตตานีมาอยู่ใต้อำนาจ ซึ่งขณะนั้นระตูปุยุดเป็นผู้รักษาการเมืองปัตตานี ส่วนที่อยุทธยา ขุนนางคนหนึ่ง คือ พระยาตาก (ต่อมา คือพระเจ้าตาก หรือ พระเจ้ากรุงธนบุรี) ได้รวบรวมกำลังเข้าต่อสู้กับพม่าจนสามารถยึดกรุงศรีอยุทธยากลับมาได้สำเร็จ จึงสถาปนาตนเองเป็นกษัตริย์ และตั้งเมืองหลวงใหม่ที่กรุงธนบุรี ในปี พ.ศ.2312 พระเจ้าตากนำกำลังมาตีเมืองนครศรีธรรมราช จนสามารถยึดเมืองได้ แต่เจ้าเมืองนครได้หลบไปยังเมืองพัทลุงและสงขลา กองทัพพระเจ้าตากติดตามไปถึงเมืองสงขลา ในที่สุดเจ้าเมืองนคร เจ้าเมืองพัทลุง และเจ้าเมืองสงขลาต่างหลบหนีไปยังเมืองปัตตานี กองทัพสยามติดตามไปถึงเขตเมืองเทพาและส่งผู้แทนไปเจรจากับเจ้าเมืองปัตตานีขอให้ส่งตัวเจ้าเมืองทั้งสามให้แก่พระเจ้าตาก  เจ้าเมืองปัตตานีได้ดำเนินการให้ตามความประสงค์ กองทัพพระเจ้าตากจึงถอนทัพกลับไป

พ.ศ.2319 พม่ายกทัพมาตีหัวเมืองปักษ์ใต้ เมืองต่างๆ ได้เข้าช่วยสู้รบกับพม่าอย่างเต็มความสามารถ ส่วนปัตตานีปฏิเสธไม่ยอมส่งทัพเข้าช่วยสยาม และแสดงปฏิกิริยาแข็งเมือง เจ้าเมืองนครศรีธรรมราชรายงานต่อพระเจ้าตากว่าจะขอออกไปตี แต่พระเจ้าตากเห็นว่าติดศึกกับพม่าทางเหนืออยู่ ให้สงบไว้ก่อน เจ้าเมืองปัตตานีขณะนั้น คือ สุลต่านมูฮัทหมัด ทรงคาดการณ์ว่าจะต้องมีสงครามระหว่างสยามกับปัตตานีเกิดขึ้นอย่างแน่นอน จึงจัดให้เตรียมกำลังทหาร อาวุธยุทโธปกรณ์ และปรับปรุงป้อมปราการให้มั่นคงแข็งแรง ต่อมาหลังจากกองทัพหลวงของสยามปราบปรามพม่าจนยึดหัวเมืองปักษ์ใต้กลับมาได้ทั้งหมดแล้ว จึงเตรียมเข้าตีเมืองปัตตานีต่อไป โดยส่งพระยาราชบังสัน แม่ทัพเรือของสยามเข้ามาเจรจากับสุลต่านมูฮัมหมัดให้ยินยอมแต่โดยดี แต่เสนาบดีและขุนนางผู้ใหญ่ไม่ยินยอม สงครามจึงเกิดขึ้นและนำความเสียหายมาสู่ชีวิตและทรัพย์สินของผู้คนมากมาย ผู้เสียชีวิตจากสงครามครั้งนั้นถูกนำไปฝังที่สุสานบ้านดาโต๊ะแลและที่อื่นๆ รวมทั้งที่บ้านปุยุดเป็นที่ฝุศพของโต๊ะดาตูและเหล่าทหารผู้ใกล้ชิด สุสานโต๊ะดาตูจึงเป็นสถานที่สำคัญของบุคคลทางประวัติศาสตร์ปัตตานีที่เคยทำหน้าที่ราชการบ้านเมือง และเข้าร่วมต่อสู้ในการปกครองเมืองปัตตานีจนถึงวาระสุดท้ายของชีวิต เมืองปัตตานีหลังจากนั้นไม่อยู่ในวาระที่สามารถฟื้นฟูได้อีก ผู้คนยากจน การค้าซบเซา เจ้าเมืองคนต่อมาได้ย้ายศูนย์กลางการปกครองไปยังที่แห่งใหม่ ในที่สุดที่จะบังติกอ-อาเนาะรู ก็กลายเป็นที่ตั้งของเมืองปัตตานีแห่งใหม่ มีการสร้างมัสยิดและวังขึ้นมาใหม่ในปี พ.ศ.2388 เป้นต้นมา จึงเป็นอันสิ้นสุดนครปัตตานีที่มีบทบาทมำคัญมายาวนาน และเข้าสู่สมัยการปกครองแบบ 7 หัวเมือง ซึ่งได้เริ่มต้นดำเนินการตั้งแต่ปี พ.ศ.2351  เป็นต้นมา จนถึงปี พ.ศ.2445 จึงยกเลิกการปกครองแบบ 7 หัวเมือง จัดการปกครองเป็นมณฑลเทศาภิบาลปัตตานี ในปี พ.ศ.2449 ต่อมาจึงได้ยกเลิกมณฑลเทศาภิบาลและจัดการปกครองใหม่เป็น 3 จังหวัด คือ ปัตตานี ยะลา และนราธิวาส ตั้งแต่ปี พ.ศ.2476 เป็นต้นมาถึงปัจจุบัน