คำว่า "จะแนะ" เป็นภาษาท้องถิ่น เป็นชื่อของพืชชนิดหนึ่งที่มีลักษณะคล้ายต้นบอน เมื่อก่อนอยู่ในพื้นที่นี้มาก ปัจจุบันมีอยู่บ้างเล็กน้อยชาวบ้านจึงเรียก 

ชื่อบ้านตามพืชชนิดนี้ว่า "บ้านจะแนะ" ซึ่งเป็นชื่อของตำบลหนึ่งของอำเภอระแงะ

จังหวัด นราธิวาส ต่อมาได้รับการยกฐานะเป็นกิ่งอำเภอตามประกาศกระทรวงมหาดไทย เมื่อวันที่ 15 กรกฏาคม 2526 เรียกว่า กิ่งอำเภอจะแนะ ประกอบด้วย 2 ตำบล 

18 หมู่บ้าน คือ ต.จะแนะ ต.ดุงซงญ ต่อมาได้รับการยก ฐานะเป็นอำเภอจะแนะ เมื่อวันที่ 1 มกราคม 2531