ในด้านธรณีวิทยาเป็นภูมิประเทศแบบ Karst หรือภูมิประเทศแบบหินปูน มีพื้นที่สูงๆ ต่ำๆ หน้าผาสูงชัน ยอดแหลม มักพบรอยแตกกว้างซึ่งกลายเป็นถ้ำในแนวดิ่งหรือแนวเฉียง ส่วนใหญ่จะมีลักษณะเป็นโพรงยาว ปากถ้ำแคบ ภายในถ้ำกว้าง ผนังและเพดานถูกปกคลุมด้วยหินงอกหินย้อย

และเกิดถ้ำที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในโลกอยู่ในอุทยานแห่งนี้ คือ “ถ้ำซาราวัค แซมเบอร์” (Sarawak chamber) ซึ่งมีความยาว 700 เมตร กว้าง 396 เมตร และสูง 80 เมตร คำนวณพื้นที่แล้วสามารถบรรจุเครื่องบิน Boeing 747 จำนวนหลายลำได้เลยทีเดียว

อุทยานแห่งชาติกุนุงมูลู ได้รับการลงทะเบียนมรดกโลก ในปี พ.ศ. 2543