ในสมัยที่ทางรถไฟย้ายจากสถานีชุมทางอู่ตะเภามาตั้งที่สถานีชุมทางหาดใหญ่ ปัจจุบันนี้พระอุปัชฌาย์ปานวัดคลองเรียนของพระเณรที่เดินทางโดยสารรถไฟมาลงที่สถานีรถไฟชุมทางหาดใหญ่ได้เห็นความลำบากในเวลามืดค่ำแล้วต้องเดินทางไปพักที่วัดคลองเรียนบ้าง วัดคลองแหบ้างหรือวัดท่าแซบ้าง จึงต้องการที่จะตั้งที่พักสงฆ์ในบริเวณที่วัดร้างเดิมเพราะมีเสาไม้แก่นเป็นหลักสีมาปรากฎอยู่เสมือนที่ฝังลูกนิมิตรของวัดทั่วไปแต่ทางการได้ขึ้นผนวกที่วัดร้างไว้กับที่ดินราชพัสดุจึงมีความขัดข้อง  ท่านจึงเดินทางไปพบกับเจ้าคณะจังหวัดสงขลาเพื่อขอความกรุณา ให้ช่วยเหลือ          

ทางเจ้าคณะจังหวัดสงขลาคือ ท่านเจ้าคุณพระราชเมธี  (ภายหลังย้ายไปอยู่ที่วัดบวรนิเวศวิหาร กรุงเทพฯเลื่อนเป็นพระรัตนธัช) ท่านเจ้าคุณรับรองว่าจะช่วย โดยถวายพระพร สมเด็จชาย(กรมหลวงลพบุรีราเมศ อุปราชมณฑลปักษ์ใต้ ในปลายปี พ.ศ. ๒๔๖๕)ปรากฏว่าได้ผล ทรงมีพระบัญชาให้หลวงทิพย์กำแหงสงครามที่เคยเป็นนายอำเภอมาตั้งแต่อำเภอยังมีชื่อว่า อำเภอเหนือและใต้เป็นนายอำเภอคนแรกของอำเภอหาดใหญ่ เป็นผู้ประสานงานติดต่อเจ้าหน้าที่เพื่อแยกที่ดินวัดร้างออกมายกฐานะเป็นวัดมีพระสงฆ์ต่อไป (หลวงทิพย์สงคราม ต่อมาเลื่อนเป็นพระเสน่หามนตรี)พระอุปัชฌาย์ปาน(หรือหลวงพ่อปาน) ได้ชักชวนชาวบ้านใกล้เคียงมีตำบลคลองแห ตำบลบ้านพรุ ตำบลควนลัง เป็นต้น นำทัพสัมภาระต่างๆมา เพื่อปราบที่และสร้างศาลาให้เสร็จในวันเดียวพออาศัยอยู่ได้เพราะความพร้อมเพรียง ของชาวบ้านก็ทำได้สมความปรารถนา 

ในการกำหนดวันพระอุปัชฌาย์ปานได้เลือกเอาวันอาทิตย์ที่ ๘ เมษายน พ.ศ. ๒๔๖๖ตรงกับแรม ๘ ค่ำ เดือน ๕ โดยถือตำราโหราศาสตร์ ว่าเป็นวันดีทางจันทรคติ (อาทิตย์แปดค่ำ จันทร์ สามค่ำ เป็นต้น)เป็นวันที่จะเข้ามาอยู่ที่วัด ซึ่งในพรรษาแรกมีพระภิกษุ ๕ รูปสามเณร ๓ รูป รวมเป็น ๘ รูป  สามเณรรูปหนึ่งในสามคือสามเณรกลิ่น ศรนรินทร์ (ภายหลังคือพระเทพมุนีเจ้าอาวาสวัดโคกสมานคุณ พระอารามหลวง) พระครูสมานคุณารักษ์ เจ้าอาวาสวัดต่อจากพระอุปัชฌาย์ปานได้สร้างอุโบสถหลังแรกในความอุปภัมภ์ของพระเสน่หามนตรีและคุณนายเกษร สุคนธหงส์ (เสน่หามนตรี) ได้ทำการผูกพัธสีมา เมื่อ พ.ศ. ๒๔๘๐ และได้เปลี่ยนชื่อจากวัดโคกเสม็ดชุน เป็นวัดโคกสมานคุณ  ต่อมาในปีพ.ศ.๒๕๑๖ อุโบสถหลังเก่าได้ชำรุดต้องรื้อหลังคาออกหมดและได้สร้างและเปลี่ยนแปลงแบบหลังคาใหม่ตามแบบของกรมศิลปากร จนแล้วเสร็จในปี พ.ศ. ๒๕๑๘