โรงพยาบาลสมเด็จพระยุพราชยะหา สร้างขึ้นในสมัยรัฐบาล ฯ พณ ฯ นายธานินทร์ กรัยวิเชียร ได้เชิญชวนประชาชนทั่วประเทศบริจาคเงินทรัพย์สิ่งของเพื่อ เป็นทุนก่อสร้างโรงพยาบาลสมเด็จพระยุพราช ขนาด30 เตียงให้แก่ท้องถิ่นทุรกันดารต่างๆ เพื่อน้อมถวายแด่ สมเด็จพระบรมโอรสาธิราช ฯ สยามมกุฎราชกุมาร เมื่อปี พ.ศ. 2520โรงพยาบาลสมเด็จพระยุพราชยะหา มีเนื้อที่ ทั้งสิ้น 45 ไร่ 2 งาน 30 ตารางวา จากการน้อมเกล้าถวาย โดย นายบุญชอบ สาครินทร์ คหบดีจังหวัดยะลาและในโอกาสนี้มีผู้บริจาคเงิน จัดตั้งเป็นมูลนิธิ"แฉล้ม สุวรรณประกร และญาติมิตร" สำหรับสนับสนุนกิจการของโรงพยาบาลสมเด็จพระยุพราชยะหาจัดตั้งโดยการสนับสนุนจากผู้ว่าราชการจังหวัดยะลา นายมนตรี ตระหง่านและรองผู้ว่าราชการจังหวัดนายชัด รัตนราช ในขณะนั้นเพื่อเป็นการเทิดพระเกียรติและร่วมถวายความจงรักภักดี มูลนิธิ ฯ มีเงินทุนในระยะแรกดำเนินการ 1,346,830 บาท อนุญาตให้ใช้ดอกผลสนับสนุนกิจการของโรงพยาบาล 

สำหรับการก่อสร้างอาคารโรงพยาบาล ในระยะแรกได้รับเงินจาก มูลนิธิโรงพยาบาลสมเด็จพระยุพราชยะหา จำนวน 8,470,000 บาทการก่อสร้างใช้เวลา 457 วัน สร้างแล้วเสร็จเมื่อวันที่ 5 กันยายน 2521 เนื่องจากบริเวณโรงพยาบาลเป็นภูเขาจึงจำเป็นต้องปรับปรุงบริเวณรอบ ๆ โรงพยาบาลซึ่งเป็นเนินดินลูกรังให้เป็นระเบียบเรียบร้อยทั้งนี้ได้รับความเอาใจใส่ ติดตามอยางใกล้ชิด จากผู้ว่าราชการจังหวัดยะลานายมนตรี ตระหง่าน และรองผู้ว่าราชการจังหวัดยะลา นายเอนก โรจนไพบูลย์ ตลอดจนส่วนราชการ และองค์กรอื่นๆ รวมทั้งพ่อค้า ประชาชน ได้ให้ความร่วมมือในการปรับปรุง สถานที่เป็นอย่างดีทำให้การเตรียมการต้อนรับเสด็จเป็นที่สมพระเกียรติ โดยสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช ฯ สยามมกุฎราชกุมาร ได้เสด็จมาทำพิธีเปิด โรงพยาบาลสมเด็จพระยุพราชยะหาอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 7 มีนาคม 2522 ปัจจุบันโรงพยาบาลสมเด็จพระยุพราชยะหาจังหวัดยะลามีมูลนิธิซึ่ง เป็นนิติบุคคลในจังหวัดยะลา 2 มูลนิธิซึ่งได้จดทะเบียนมูลนิธิโดยมีวัตถุประสงค์ในการสนับสนุน การดำเนินกิจการของโรงพยาบาลสมเด็จพระยุพราชยะหาจังหวัดยะลาได้แก่ " มูลนิธิโรงพยาบาลสมเด็จพระยุพราช สาขายะหา " และ มูลนิธิ " แฉล้ม สุวรรณประกร และ ญาติมิตร "