สมัยก่อนจะมีการสร้างมัสยิดที่มีในปัจจุบัน หมู่บ้านคลองหมากได้มีการสร้างมัสยิดขึ้นหลังแรก ณ บ้านนาย ส้าหาก  สร้างสม แต่สร้างได้ไม่นาน ก็ได้ย้ายไปสร้างใหม่ ที่บ้านหลังสอด ตอนนั้นชาวบ้านคลองโตนด บ้านคลองหมาก บ้านทุ่งใหญ่ ตลอดไปถึงสะพาน โต๊ะดุก ก็มาละหมาดที่มัสยิดบ้านหลังสอดทั้งหมด ต่อมาในสมัยโต๊ะเดี๊ยะ ซื่อตรง จึงได้มาสร้างมัสยิดใหม่แยกมาจากมัสยิดบ้านหลังสอด ที่บ้าน นาย เขียว  ต่อติด ลักษณะของมัสยิดที่สร้างตอนแรก ๆ ใช้แบบยกพื้นเหมือนแคร่ เพื่อกันน้ำฝน ให้ไหลผ่านไปมาได้ แต่ว่าพอจะเปิดใช้เป็นมัสยิดจริง ได้มีการยับยั้งไม่ให้เปิด เพราะเขาต้องการให้ไปละหมาดที่บ้านหลังสอดเหมือนเดิม ตอนนั้นเลย นายหมาดเย๊ะ เพียรกิจ ไปขึ้นไปหา นายอำเภอเกาะลันตา สมัยนั้น คือ นายอำเภอทองสุข  กองสมุทร  เพื่อจะให้มีการเปิดใช้มัสยิด ทางนายอำเภอเกาะลันตา จึงให้สร้างบ่อหลวงก่อน ที่นาบ่อหลวง โดยใช้ช่างของอำเภอ ชื่อช่าง เริญ มาสร้างบ่อหลวงให้ก่อน พอสร้างเสร็จ จึงได้แจ้งเรื่องราวให้ทางนายอำเภอทราบ นายอำเภอเกาะลันตา จึงอนุญาตให้เปิดใช้มัสยิดได้ ตอนแรก ๆ เปิด มีคนมาละหมาด ประมาณ 20 คน ต่อมาตอนหลังได้มีการย้าย มาสร้างมัสยิดหลังใหมขึ้น มาที่ปัจจุบัน ซึ่งที่ดินดังกล่าวได้บริจาคโดย นายดาฆั่ง  หมั่นเพียร โดยใช้เสาไม้ตำเสา มาทำเสา เอามาจากคลองปิ้ง อยู่ ๆ มา ไปเอาไม้บูนดำ มาทำเสาแทนของเก่าที่ชำรุด ที่หลุมถ่านคลองแรด ของเถ้าแก่ ขุนทิพย์ โดยได้เอาเรือหลุมถ่าน เถ้าแก่ แก่ ที่บ้านลิกี มาบรรทุกไม้ทั้งต้น  สำหรับไม้เครื่องบนใช้ไม้หงอนไก่ โดยช่างสมัยนั้น มีนายหมาดเหร๊ะ ผิวดี ชายเก็น เกื้อกูล และชาวบ้านอีกหลายคน 

หลังจากนั้นตัดเสาไม้ออก เปลี่ยนเป็นเสาปูน หลังคาเดิม ในรุ่น นายหมาดยา  สร้างสม นายหยัน  จงรักษ์ นายส้าหนี  หมั่นเพียร  จนมาถึงปัจจุบัน ตอนหลังชาวบ้านคลองโตนด บ้านทุ่งหยุม บ้านทุ่งใหญ่ ตลอดไปถึงสะพานโต๊ะดุกก็มาละหมาดที่นี่กันหมด แต่พอถึงสมัย นายเส๊ะ เพียรกิจ ก็ไดมีการแยกไปตั้งมัสยิดใหม่ที่บ้านคลองโตนด มัสยิดบ้านคลองหมากจึงเหลือแต่ ชาวบ้านบ้านคลองหมาก บ้านห้วยคุ้ม บ้านทุ่งหยุม บ้านต้นม่วง และพรุหลุมพรี พอมาถึงปี พ.ศ. 2549 ก็ได้แยกไปตั้งไปตั้งมัสยิดทุ่งหยุมอีกหนึ่งแห่ง

สำหรับโต๊ะอีหม่ามคนแรก คือโต๊ะเดี๊ยะ ซื่อตรง ตอนแรกเป็นโต๊ะอีหม่ามที่บ้านหลังสอด