มัสยิดมูย่าฮีดีนก่อตั้งขึ้นเมื่อวันศุกร์ที่27เมษายน พ.ศ.2527โดยการบริจาคที่ดินของ นายด้อแอ้ มานพ และนายบุญชัย เชื้อหอม ร่วมบริจาคมีเนื้อที่484ตารางเมตรเพื่อทำละหมาดยุมอัตวันศุกร์โดยเริมแรกมีนายฮัจยียีหมาด สายเส็นเป็นอีหม่ามปฏิบัติหน้าที่จนถึงพ.ศ.2529ใด้ลาออกและใด้แต่งตั้งนายสัน  ช่วยการเป็นอีหม่ามคนต่อมาและใด้ปฏิบัติหน้าที่จนถึงพ.ศ.3535นายสัน ช่วยการใด้ลาออกและใด้แต่งตั้งนายส้อแหละ ชูทอง เป็นอีหม่ามคนต่อมาจนกระทั่งนายส้อแหละ ชูทอง ใด้เสียชีวิตลงในปี พ.ศ.2553

ปัจจุบันมัสยิดมูย่าฮีดีนใด้มีการปรับปรุง พื้นที่ อาคารมัสยิด  สถานที่สอนเรียน และใด้รับการจดทะเบียนมัสยิดเมื่อวันที่ 18 กุมภาพันธ์ 2556ปัจจุบันมัสยิดมูย่าฮีดีนมีสัปบุรุสรวม 283 คนโดยมีนาย หมีน บุญเพชรเป็นอีหม่ามปฏิบัติหน้าที่ตั้งแต่ 24พฤษภาคม2556 จนถึงปัจจุบัน