คลองมานิง เป็นตำบลหนึ่งในอำเภอเมืองปัตตานี เป็นตำบลเก่าแก่ที่มีลำคลองคลองมานิงไหลผ่านพื้นที่ตำบล ซึ่งประชาชนใช้อาศัยเป็นทางสัญจรทางน้ำ เมื่อครั้งกรุงลังกาสุกะ ซึ่งตั้งอยู่ที่บ้านจาเละ ตำบลยะรัง อำเภอยะรัง จังหวัดปัตตานี เรื่อยมาจนถึงสมัยรัฐปัตตานีดารุสลาม ซึ่งมีเมืองกรือเซะ เป็นจุดศูนย์กลางการปกครอง โดยลำคลองดังกล่าวเป็นลำคลองที่แยกมาจากแม่น้ำปัตตานี โดยไหลผ่านตำบลยะรัง ตำบลประจันตำบลปูยุด ตำบลบาราเฮาะ บ้านตาเนาะบาตู บ้านนาแม ตำบลคลองมานิง, บ้านกรือเซะ ตำบลตันหยงลุโละ และไหลลงสู่อ่าวไทย ด้วยเหตุนี้ทำให้มีการสร้างบ้านเรือนอยู่ตลอดริมฝั่งคลองมานิง ซึ่งสามารถพบเห็นชุมชนและสุสานของมุสลิม (กุโบร์)เก่า ณ บ้านสระมาลา หมู่ที่ ๓ ตำบลคลองมานิง อำเภอเมืองปัตตานี ซึ่งชาวบ้านในพื้นที่เรียกว่า“กูโบร์เปิงลีมอ”หรือ“กูโบร์แม่ทัพหรือขุนศึก”หินกูโบร์นั้น นักโบราณคดีสันนิษฐานว่าจะทำมาจากหินอาเจะห์ (batu aceh) มีลวดลายที่สวยงามและมีอายุเก่าแก่ สันนิษฐานว่าน่าจะเก่าแก่เท่ากับมัสยิดตะโละมาเนาะ จังหวัดนราธิวาส

ส่วนที่มาของชื่อชื่อตำบล คลองมานิง เป็นคำที่เพี้ยนมาจากภาษามาลายู "ฆลอมานิง" มีความหมายว่า คลองสำหรับอาบน้ำ เดิมในตำบลคลองมานิง มีลำคลองที่ใช้เป็นเส้นทางเดินเรือสัญจร ไป-มา ต่อมาลำคลองตื้นเขิน เรือจึงล้มเพราะเกยตื้น และส่วนหนึ่งของลำคลองเป็นวังน้ำ เมื่อเรือล้มทุกคนในเรือก็มาเล่นน้ำที่วังน้ำนั้น เมื่อมีคนผ่านไปเห็น ก็พูดต่อๆ กันว่าที่นี่เป็นที่คนอาบน้ำหรือภาษามาลายูว่า "มานิง" จึงเป็นชื่อตำบลที่เรียกจนถึงปัจจุบัน