โรงพยาบาลปัตตานี ตั้งอยู่ เลขที่ 2 ถนนหนองจิก ตำบลสะบารัง อำเภอเมือง ห่างจากศาลากลางจังหวัด 200 เมตร มีฐานะเป็นโรงพยาบาลทั่วไป ขนาด 335 เตียง

มีหอผู้ป่วยสามัญ 9 หอ รวม 269 เตียง และหอผู้ป่วยพิเศษ 3 หอ รวม 66 เตียง หน่วยงานพิเศษเช่น ห้องผ่าตัด 7 ห้อง หอผู้ป่วยหนัก 8 เตียง หน่วยบริบาลทารก 15 เตียง

ห้องอุบัติเหตุและฉุกเฉินมีเตียงรักษา 4 เตียง เตียงสังเกตอาการ 2 เตียง ห้องตรวจผู้ป่วยนอก 19 ห้อง และหน่วยไตเทียม 5 เตียง เนื้อที่ดินของโรงพยาบาลปัตตานี แบ่งเป็น 2ส่วนโดยมีลำคลองสามัคคีไหลผ่านกลางจากทิศตะวันตกไปทางทิศตะวันออก ไหลลงสู่แม่น้ำปัตตานีบนฝั่งเหนือ ปัจจุบันมีเนื้อที่ รวมทั้งสิ้น จำนวน 25 ไร่ 3 งาน 41 7/10 วา

อาคารสนับสนุนบริการ 

1. ตึกอำนวยการ ประกอบด้วยห้องผู้บริหาร ฝ่ายธุรการ ฝ่ายการเงินและบัญชี บริการจ่ายยาผู้ป่วยนอก ห้องตรวจแผนกผู้ป่วยนอก ชันสูตรผู้ป่วยนอก และงานประชาสัมพันธ์ 

2. อาคารธงไทย ซึ่งเป็นตึกอำนวยการหลังเก่า ดัดแปลงเป็นกลุ่มงานทันตกรรม งานบริการจ่ายยาผู้ป่วยใน งานธนาคารเลือด กลุ่มงานพัฒนาคุณภาพบริการและวิชาการ กลุ่มงานสุขศึกษาและศูนย์วิกฤตสุขภาพจิต 

3. อาคารเวชกรรมฟื้นฟู 

4. อาคารเอนกประสงค์ เป็นกลุ่มงานเวชกรรมสังคม กลุ่มการพยาบาล ศูนย์คุณภาพและห้องสมุด 

5. อาคารเภสัชกรรม 

6. อาคารชิดชล เป็นฝ่ายโภชนาการ งานพัสดุ และห้องประชุม 

7. อาคารซักฟอก 

8. จ่ายกลาง 

       นอกจากนี้โรงพยาบาลกำลังก่อสร้างอาคารผู้ป่วยใน 6 ชั้น ใหม่ เพื่อทดแทนตึกผู้ป่วยในเดิม ซึ่งก่อสร้างมาตั้งแต่ พ.ศ. 2510 และ 2515 โดยอาคารผู้ป่วยใน 6 ชั้นนี้ กำลังก่อสร้างบริเวณที่ว่างติดกับอาคารผ่าตัดและอาคารอเนกประสงค์ โดยเป็นอาีคารผู้ป่วยสามัญ อายุรกรรม และพิเศษบางส่วนเพื่อขยายบริการผู้ป่วยในให้สามารถรองรับบริการที่เพิ่มขึ้น